Questions et réponses sur le microbiome

Écrit par : Kristina Campbell

Mis à jour : June 19th, 2023

Qu’est-ce que le microbiome intestinal ?

Un microbiome (également appelé microbiote) est généralement défini comme un groupe de micro-organismes – des bactéries ainsi que des champignons et des microbes anciens appelés archées – vivant et interagissant les uns avec les autres dans un certain environnement. Tout comme la terre possède de nombreux biomes différents qui sont façonnés par la géographie et le climat, vous avez différents microbiomes associés à différentes parties de votre corps. Au total, vous avez environ 38 000 milliards de micro-organismes dans/sur votre corps, ce qui correspond à peu près au nombre de cellules humaines[1].

Votre microbiome intestinal est votre propre collection de micro-organismes qui vivent dans votre tube digestif. Le tube digestif étant isolé du reste du corps, ce que vous mangez ne fait pas vraiment partie de vous avant d’avoir franchi les parois de l’intestin et d’être passé dans la circulation sanguine. Les micro-organismes présents dans l’intestin jouent le rôle de gardiens de la paroi intestinale et travaillent en tandem avec le système immunitaire pour empêcher les substances nocives d’entrer dans l’intestin. Ils travaillent constamment de manière complexe pour maintenir votre santé globale[2].

Parfois, lorsque les gens parlent de “microbiome intestinal”, ils font spécifiquement référence au microbiome du côlon, ou gros intestin – en d’autres termes, aux micro-organismes présents dans vos excréments. Le côlon possède la plus riche collection de micro-organismes de tout le corps.

Comment le microbiome intestinal se développe-t-il ?

Le microbiome que vous avez dans votre corps à ce moment précis est le résultat de nombreux éléments de votre passé et de votre présent.

Toute l’action commence à la naissance. Avant votre naissance, votre corps n’avait pas de microbes (bien qu’il ait probablement communiqué avec des microbes par l’intermédiaire du “téléphone” placentaire). Lors de votre accouchement, que ce soit par voie basse ou par césarienne, vous avez pris votre premier bain microbien, préparant ainsi le terrain pour la suite[3].

L’autre grande influence est celle de l’alimentation au cours des premiers mois de la vie : les bébés qui consomment du lait humain ont un microbiome intestinal différent de celui des bébés qui consomment du lait maternisé[4].

Le microbiome intestinal continue de changer rapidement au cours des trois premières années de la vie avant d’atteindre un état plus stable[5]. À l’âge adulte, les principaux facteurs qui déterminent la composition de votre microbiome intestinal sont votre état de santé (c’est-à-dire les maladies diagnostiquées) ainsi que les médicaments que vous prenez[6]. Et n’oublions pas votre alimentation – bien qu’elle ne représente que 10 % ou moins de l’ensemble des microbes présents dans votre intestin, elle constitue un moyen important de modifier activement votre microbiome intestinal et votre santé à l’âge adulte[7].

Les personnes et les animaux avec lesquels vous vivez, vos habitudes en matière d’exercice physique et de sommeil, ainsi que votre pays de résidence, ont une influence mineure (mais potentiellement importante) sur votre microbiome intestinal. Votre microbiome porte véritablement l’empreinte de votre santé et de votre mode de vie, tant dans le passé que dans le présent.

Qu’est-ce qui affecte négativement votre microbiome intestinal ?

Les antibiotiques sauvent des vies et doivent être pris lorsqu’ils sont nécessaires. Mais ils ont aussi les effets les plus dramatiques sur votre microbiome intestinal, car ils tuent activement certains des microbes de votre communauté intestinale florissante et diversifiée. Si les microbiomes intestinaux de nombreuses personnes se rétablissent après la prise d’antibiotiques, d’autres personnes subissent des changements qui peuvent durer indéfiniment[8]. Cela vaut donc la peine d’avoir une conversation avec votre médecin et d’être très prudent quant aux raisons pour lesquelles vous prenez des antibiotiques.

Les antibiotiques inutiles ne sont pas la seule chose qui peut affecter négativement votre microbiome intestinal. Avec le temps, le manque de ce dont les microbes ont besoin pour se développer peut également constituer un problème. De nombreux micro-organismes bénéfiques ont besoin de sources de fibres (y compris de prébiotiques) dans votre alimentation, et si vous n’en avez pas, vous finirez par avoir une communauté microbienne moins qu’idéale[9]. Une alimentation riche en aliments sucrés et transformés, par exemple, ne laisse rien à manger aux insectes bénéfiques.

D’autres facteurs, tels que le stress permanent et un sommeil perturbé (qui donne l’impression d’un décalage horaire), sont également associés à une diminution des micro-organismes bénéfiques dans l’intestin.

Certains scientifiques ont avancé la théorie des “microbes disparus”.[10]Les micro-organismes : avec notre mode de vie industrialisé, nous éliminons de plus en plus de types de micro-organismes dans notre tube digestif au fil du temps. Les chercheurs pensent que cela peut être lié à l’augmentation rapide des maladies chroniques. Il est donc important d’être proactif et de maintenir votre microbiome intestinal diversifié et heureux.

Comment améliorer/restaurer le microbiome intestinal ?

Le microbiome intestinal de chaque personne en bonne santé étant légèrement différent, les scientifiques n’ont pas encore déterminé le microbiome intestinal “idéal” à atteindre. Cela signifie que le microbiome intestinal est probablement différent pour vous que pour n’importe qui d’autre.

Mais certains principes de base sont clairs. La consommation d’une grande variété de sources de fibres – salades de crudités et de graines, chili aux haricots et pain complet – vous aide à maintenir une communauté microbienne diversifiée et prospère. Il semble que le fait de consommer au moins 30 aliments végétaux différents par semaine soit le plus bénéfique pour les microbes de l’intestin.[11].

En outre, de nouvelles données montrent les avantages de la consommation d’aliments fermentés, en particulier ceux qui contiennent de grandes quantités de micro-organismes vivants. Le yaourt est une excellente source de microbes vivants, tout comme le kimchi, la choucroute et le kéfir non pasteurisés. Les aliments fermentés sont associés à une réduction de l’inflammation dans l’organisme et à divers bienfaits pour la santé.[12].

Les aliments fermentés peuvent augmenter le nombre de micro-organismes vivants dans votre alimentation, mais tous ces micro-organismes vivants ne sont pas considérés comme des probiotiques. Les véritables probiotiques ont été mesurés et testés pour prouver qu’ils ont un effet bénéfique sur la santé.[13]. Outre les aliments fermentés, vous pouvez donc envisager de prendre un supplément de probiotiques pour obtenir certains avantages en matière de santé digestive ou immunitaire, en affectant ou non votre microbiome intestinal.

Comment reconstruire son microbiome intestinal après une cure d’antibiotiques ?

L’idée de base semble simple : les antibiotiques appauvrissent le microbiome intestinal, les probiotiques (qui ajoutent de “bons microbes”) devraient donc le restaurer, n’est-ce pas ?

Ce n’est pas si simple. Tous les probiotiques ne sont pas utiles. Seuls certains probiotiques réduisent les effets secondaires désagréables des antibiotiques (à savoir la diarrhée), même si les microbes probiotiques ne restent pas nécessairement dans l’intestin.[14]. Si vous prenez des antibiotiques, il est donc judicieux de trouver l’un de ces probiotiques spécifiques conçus pour atténuer les effets secondaires des antibiotiques, et de veiller à prendre les probiotiques et les antibiotiques exactement les mêmes jours.

Toutefois, cela ne suffit pas à reconstituer complètement votre microbiome intestinal. Pour favoriser la prolifération des espèces bénéfiques, vous devez également vous efforcer de consommer de nombreuses sources de fibres différentes, en fonction de ce que votre intestin peut tolérer.

Pouvez-vous tester votre microbiome intestinal ?

Oui, vous pouvez tester votre microbiome intestinal en envoyant un échantillon de selles à un laboratoire qui analyse le microbiome. Vous obtiendrez une liste de tous les types de microbes présents dans votre intestin. N’oubliez pas que chaque entreprise ou laboratoire traite l’échantillon de manière différente, il est donc normal d’obtenir des résultats légèrement différents d’un endroit à l’autre. En fonction de la technologie utilisée pour l’analyse, vous pouvez obtenir une liste des catégories de microbes les plus larges ou des souches exactes.

Une fois que vous aurez dressé la liste des microbes présents dans votre intestin, que pourrez-vous faire de ces informations ? C’est ici que les choses deviennent moins claires.

Les tests généraux du microbiome intestinal ne sont malheureusement pas utiles dans un contexte clinique. De nombreuses entreprises vous donneront des listes d’aliments que vous devriez ou ne devriez pas manger en fonction de vos microbes intestinaux, mais en réalité la recherche sur les régimes alimentaires et les microbes intestinaux n’est pas assez avancée pour garantir que vous pouvez améliorer votre santé en suivant une liste personnalisée d’aliments. Il faudra encore de nombreuses années pour mener à bien les études plus vastes et bien conçues qui sont nécessaires pour prouver les avantages pour la santé de ces recommandations diététiques. Certaines entreprises proposent un test qui prédit la réaction de votre glycémie à certains aliments à l’aide d’un algorithme basé sur le microbiome intestinal.[15]. Elles sont potentiellement intéressantes, mais ne sont pas encore liées à des avantages spécifiques pour la santé.

Quelles sont les dernières recherches sur la santé mentale et le microbiome intestinal ?

Il s’agit d’un domaine d’étude scientifique fascinant (et en pleine expansion). De plus en plus de recherches établissent un lien entre le régime alimentaire que vous adoptez au fil du temps et votre santé mentale. (Flash info : l’excès de boissons sucrées et d’aliments ultra-transformés tels que les hot-dogs, les chips et les bonbons est lié à une mauvaise santé mentale.[16].) Nous savons également que le régime alimentaire a une incidence sur les microbes intestinaux. D’après les connaissances actuelles des scientifiques, votre alimentation peut favoriser le développement ou la disparition de certains microbes intestinaux, ce qui pourrait contribuer à l’émergence de troubles mentaux. Les microbes peuvent “parler” au cerveau d’au moins trois façons connues : en stimulant directement les nerfs qui se rendent au cerveau, en exerçant une pression sur le système immunitaire et en libérant des composés qui se propagent dans tout le corps, y compris dans le cerveau.[17].

À certains moments de la vie, on peut être plus susceptible de souffrir des conséquences d’une mauvaise alimentation sur la santé mentale.[18]. Mais la bonne nouvelle, c’est qu’une fois que les scientifiques auront identifié les microbes spécifiques impliqués dans ces processus, nous pourrons apprendre à nous protéger des conséquences négatives sur la santé mentale. Surveillez cet espace !

Références :

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